El movimiento creado por Russell apenas tenía en sus comienzos características organizativas de lo que pudiera ser una secta o una confesión religiosa, o una gran Organización. Al igual que George Storrs, Russell aborrecía las iglesias de la cristiandad, a las que consideraba Babilonia la Grande. Sin embargo, creía en la posibilidad de que hubiera algún miembro de la verdadera iglesia (la iglesia de Cristo) engendrado por espíritu, aunque aún fuera miembro de alguna de las iglesias de la cristiandad. Con todo, partiendo del reconocimiento de que ‘la mayor simplicidad de Cristo’ generalmente tan sólo se daba entre los miembros de la Asociación de Estudiantes de la Biblia, correspondía a los auténticos cristianos el abandonar a la cristiandad nominal (particularmente después de 1881) y asociarse primordialmente con otros cristianos verdaderos, miembros de la nueva creación, los Estudiantes de la Biblia. Pero tal asociación había de ser absolutamente libre y voluntaria. Describiendo la naturaleza de las congregaciones de los Estudiantes de la Biblia, tan tarde como en 1915 dijo:
"En una ocasión fui llamado por un ministro de la iglesia Reformada. Quería conocer cómo manejaba mi iglesia. Le dije: ‘hermano, no tengo iglesia’. El dijo, ‘ya sabes lo que quiero decir’. Le respondí, ‘quiero que sepas también lo que yo quiero decir. Decimos que sólo hay una iglesia. Si se pertenece a esa iglesia, se pertenece a nuestra iglesia’. Me miró sorprendido y dijo: ‘usted tiene una organización, ¿cuántos miembros la componen?’. Le repliqué, ‘no puedo decirle. No mantenemos listas’. ‘¿No tiene una lista de sus miembros?’ ‘No. No mantenemos lista alguna. Sus nombres están escritos en los cielos’. El preguntó, ‘¿Cómo obtienen su elección?’. Le dije, ‘Nosotros hacemos anuncio para una elección. Y cualquiera o todos los del pueblo de Dios, que han sido consagrados y acostumbran a reunirse con esta compañía o congregación, pueden tener el privilegio de expresar su criterio en cuanto a aquellos que el Señor prefiere para los puestos de ancianos y diáconos en la congregación’. ‘Bien’, dijo, ‘eso en sí mismo es simplicidad’. Nada hay que pueda asimilarse a algo semejante a una organización, si uno es Estudiante Internacional de la Biblia. No puede extraerse algo de lo que no hay dentro."
Como el propio Russell indicó, se elegía a todos los ancianos y diáconos de los Estudiantes de la Biblia. Si la mayoría de la congregación estimaba que la enseñanza o la conducta no eran las apropiadas, tenían derecho a no elegirlos de nuevo para su ministerio al año siguiente. Pero ¿y si había división? Quienes no estuvieran de acuerdo con la mayoría podían sencillamente formar otra ecclesia y permanecer en asociación con los Estudiantes de la Biblia mientras no negaran las creencias fundamentales. Por supuesto, una vez hubieran abandonado su anterior ecclesia, no habrían de interferir en las actividades de la misma.
La disciplina eclesiástica no era prerrogativa o responsabilidad de ningún oficial de la ecclesia local o de entre los Estudiantes de la Biblia, incluído el propio Russell. Preguntado en cuanto a si los ancianos podían constituir un tribunal de indagación, fue tajante: ‘La palabra del Señor no autoriza tribunal alguno de ancianos u otros, que lleguen a ser entrometidos. Eso sería retroceder a las prácticas de la Edad del Oscurantismo en tiempos de la Inquisición, y estaríamos mostrando el mismo espíritu de los inquisidores’. Una vez más, ante todo Russell puso como el valor más alto la libertad cristiana y el derecho de todos a dirigirse por la propia conciencia.
¿Qué hay de las dificultades en las diferentes congregaciones de los Estudiantes de la Biblia? Russell creía que la mayor parte de los problemas podían ser resueltos con el amor y no llegarían a representar serios desafíos. Con todo, si había algún asunto de gravedad, las personas deberían guiarse por el consejo de Jesús en Mateo 18: 15-18. Según estos versículos, si un hermano cometía un pecado contra un miembro de la congregación, éste podría abordarlo personalmente para resolver el asunto. Si eso no diera resultado, podría tomar a otros dos o tres más para esclarecer los hechos e intentar nuevamente la reconciliación. Unicamente en el caso de fracaso en este segundo intento expondría el caso a toda la congregación para obtener justicia. Si, aún así, el hermano que ha cometido el error no se arrepiente de su pecado, aquel contra quien pecó y la ecclesia podrían legítimamente tratarlo como ‘gentil y recaudador de impuestos’, es decir, como una persona no cristiana.
¿Qué hay si el pecado es contra toda la ecclesia? Siguiendo los pasos que se acaban de enumerar, uno podría ser expulsado de la congregación, si no existe arrepentimiento. Pero Russell reconoció que la mayoría podría estar tan equivocada como el propio individuo y enfatizó la necesidad de que hubiera casi unanimidad absoluta en la congregación para privar a alguien de la asociación cristiana. Incluso en el caso de que alguien fuera expulsado de una ecclesia en particular, eso no conllevaba el rechazo en todas las circunstancias sociales ni por la totalidad de los Estudiantes de la Biblia. De modo que la disciplina era atemperada y se mantenía como una medida mínima en preservación de la armonía personal y congregacional. Russell y los Estudiantes de la Biblia rehusaron ir más allá de eso, al menos en teoría.
Russell además creía en un alto grado de tolerancia y amplio margen en las creencias. Haciendo un comentario a Romanos 14: 5 en la New Creation, dijo: ‘que cada uno sea completamente persuadido en su propio interior’. Reconocía que, aunque era importante la unidad cristiana, era primordial hacer notar que no debería forzarse la uniformidad doctrinal: ‘El pueblo del Señor no solamente ha desarrollado diferentes talentos y diferencias en experiencia y educación, sino que además posee distintos grados de desarrollo como nuevas criaturas (niños, jóvenes, personas maduras)’. Naturalmente, todos reconocen y concuerdan en ciertas doctrinas: ‘Deben aceptar lo fundamental, que todos somos pecadores, que Jesucristo, nuestro líder, nos redimió mediante su sacrificio consumado en el Calvario, que estamos en la escuela de Cristo para ser enseñados y ser aptos para el Reino y su servicio, y que nadie entra en dicha escuela salvo los que se han consagrado por completo al Señor. Más allá de estas cosas ha de haber gran libertad. Ni siquiera el bautismo en agua era absolutamente necesario, y cada uno habría de tener derecho a expresar sus sentimientos de manera ordenada en todas las cuestiones doctinales. A nadie se le habría de negar el reconocimiento como hermano a menos que rechazara la aceptación de lo fundamental. Russell y los Estudiantes de la Biblia adoptaron, por tanto, como su lema no oficial: ‘Unidad en lo esencial, en lo no esencial, amor’.
Notamos como Russell y ésos primeros estudiantes llegaron a conclusiones bíblicas muy semejantes a las consideradas en éste sitio (como la cuestión de la Organización, Expulsión, etc). Esto nos muestra que la verdad sigue siendo un perfume único esté donde esté. Era evidente que estaban saliendo de una época de oscurantismo religioso y tenían errores, pero también es notable el avance en muchos puntos, especialmente en lo referente a la cuestión organizacional.
Pero la historia tenía reservado otro capítulo para la vida del movimiento.